Pertek yöresine, ilk olarak Anadolu birliğini kuran Hititler egemen olmuşlardır. Daha sonra Medler (M.Ö VII yy.) ve Persler (M.Ö. VI yy.) bu yöreye hâkim olmuştur. Büyük İskender’in Makedonya Krallığı'na kattığı Pertek, krallığın parçalanmasının ardından önce İran asıllı Ermenilerin daha sonra da Bizans İmparatorluğunun hâkimiyetine girmiştir. 

          Tarihin çeşitli dönemlerinde Abbasiler, Selçuklular, Karakoyunlular gibi devletlerin ticaret merkezi haline gelen Pertek, bu özelliğini Osmanlılar Döneminde de sürdürmüştür. Pertek adının Selçuklular zamanında Oğuz Boylar tarafından kaleye dikilen siyah renkli tunçtan yapılmış bir kuş heykelinden alındığı anlatılmaktadır. Bolluk ve bereket sembolü olarak kaleye dikilen bu kuşu ' Pertek'' veya  'Pirtek'' adları ile bilindiğinden yerleşim birimi, rengine izafeten ' Karakuş'' adıyla da anılmıştır.  

          Selçuklular zamanında yapılan kale, han, hamam, camiler, medreseler ve aşevlerinden oluşan bir külliyeye sahip olan Pertek aynı zamanda  bir eğitim merkezi olarak da tarihteki yerini almıştır. Mengüç Bey ve sülalesi tarafından yönetilen Pertek'te bu döneme ait çeşitli yapılar mevcuttur. Külliyeden geriye kalan yapılardan biri olan tarihi cami, Pertek ilçe merkezine taşınmıştır. 1972 yılında Keban Baraj Gölü sular altında kalma tehlikesi ile karşı karşıya kalan tarihi Sungur Bey ve Çelebi Ağa Camileri Pertek'e taşınmıştır.